Équipe : Modélisation mésoscopique des biopolymères
Responsable : Jean Cognet
Laboratoire : UMR 8237 Laboratoire Jean Perrin (Paris)
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Descriptif :
Le premier type d’activité concerne des sujets biologiques en collaboration avec des équipes locales ou extérieures pour lesquels les molécules jouent un rôle complexe très important, mais mal identifié. Nous présentons ici quatre exemples très différents qui ont donné lieu à des publications : 1. LE RIBOSOME N'EST PAS UN RIBOZYME 2. INHIBITEUR SPÉCIFIQUE DE STAT3 3. PROPRIÉTÉS PHOTOCHIMIQUES DE SÉQUENCES D’ADN 4. DEUX STRATÉGIES DE RÉSISTANCE DE L'ARN Le second type d’activité a été mis en place en collaboration avec Sinan HALIYO (ISIR-UMR 7222, équipe Interaction) en nanorobotique, et Sébastien NEUKIRCH (Modélisation et Ingénierie des Solides et des Structures - UMR 7190). Ce projet démarré en 2014 vise au calcul robuste de vrais rubans d’ADN ou d’ARN pour la modélisation moléculaire interactive à différentes échelles. Il constitue une réorientation majeure de nos recherches antérieures sur les biopolymères [Baouendi et al. 2012, et Santini et al. 2009] vers la mécanique et la théorie de l'élasticité des poutres. Il est à l’origine de la thèse d'Olivier Ameline. Il a réussi à classer pour la première fois toutes les conformations possibles des formes solides de poutres élastiques dans un demi espace tridimensionnel, et a mis en évidence 3 types de chiralité. À partir de cette étude fondamentale, il a réussi à établir un protocole et à écrire un programme informatique pour résoudre le problème du calcul des rubans à partir des contraintes d’encastrement [Ameline et al. 2017, 2018].
Le premier type d’activité concerne des sujets biologiques en collaboration avec des équipes locales ou extérieures pour lesquels les molécules jouent un rôle complexe très important, mais mal identifié. Nous présentons ici quatre exemples très différents qui ont donné lieu à des publications : 1. LE RIBOSOME N'EST PAS UN RIBOZYME 2. INHIBITEUR SPÉCIFIQUE DE STAT3 3. PROPRIÉTÉS PHOTOCHIMIQUES DE SÉQUENCES D’ADN 4. DEUX STRATÉGIES DE RÉSISTANCE DE L'ARN Le second type d’activité a été mis en place en collaboration avec Sinan HALIYO (ISIR-UMR 7222, équipe Interaction) en nanorobotique, et Sébastien NEUKIRCH (Modélisation et Ingénierie des Solides et des Structures - UMR 7190). Ce projet démarré en 2014 vise au calcul robuste de vrais rubans d’ADN ou d’ARN pour la modélisation moléculaire interactive à différentes échelles. Il constitue une réorientation majeure de nos recherches antérieures sur les biopolymères [Baouendi et al. 2012, et Santini et al. 2009] vers la mécanique et la théorie de l'élasticité des poutres. Il est à l’origine de la thèse d'Olivier Ameline. Il a réussi à classer pour la première fois toutes les conformations possibles des formes solides de poutres élastiques dans un demi espace tridimensionnel, et a mis en évidence 3 types de chiralité. À partir de cette étude fondamentale, il a réussi à établir un protocole et à écrire un programme informatique pour résoudre le problème du calcul des rubans à partir des contraintes d’encastrement [Ameline et al. 2017, 2018].
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